ينتقل السيوطي في(الجلد الثاني) من العلوم المتعلقة بالنزول والأسانيد إلى علوم الألفاظ والدلالات، وأصول التفسير والاستنباط، والمباحث البلاغية والأسلوبية.
أبرز المحاور والعلوم في هذا المجلد:
علوم المفردات ولغة القرآن: غريب القرآن، وما وقع فيه بغير لغة العرب أو بغير لغة الحجاز، والوجوه والنظائر، ومعاني أدوات وحروف المعاني التي يحتاجها المفسر.
أصول التفسير ودلالات الألفاظ: إعراب القرآن وقواعد المفسرين، المحكم والمتشابه، المقدم والمؤخر، العام والخاص، المجمل والمبين، والناسخ والمنسوخ.
مشكل القرآن وموهم التعارض: بيان أسباب ظواهر الاختلاف والتناقض وكيفية الجمع بين الآيات.
المباحث الأصولية والبلاغية: المطلق والمقيد، المنطوق والمفهوم، وجوه مخاطبات القرآن، الحقيقة والمجاز، التشبيه والاستعارات، والكناية والتعريض، والحصر والاختصاص.