كتاب الهداية إلى فرائض القلوب يُركز على العبادات الباطنة والواجبات الروحية والقلبية(فرائض القلوب)، مبيناً أنها الأساس والقوام الذي تنبني عليه وتصح به عبادات الجوارح الظاهرة.
ينقسم الكتاب إلى مقدمة مفصلة وعشرة أبواب رئيسية تغطي أركان السلوك الروحي:
الباب الأول(إخلاص التوحيد لله): إثبات وجود الله ووحدانيته، والتفكر في معنى التوحيد الحقيقي ونفي التشبيه والتركيب.
الباب الثاني(الاعتبار بالمخلوقين): التأمل في عجائب خلق الله ودلائل حكمته ونعمه السابغة على الإنسان والمخلوقات.
الباب الثالث(وجوب طاعة الله): بيان ضرورة الالتزام بأوامر الله والقيام بطاعته شكراً على إحسانه ونعمه.
الباب الرابع(التوكل على الله): الاعتماد التام على الله وتفويض الأمور إليه والثقة به في كافة الشؤون الدينية والدنيوية.
الباب الخامس(إخلاص العمل لله): تجريد النية وتنقية الأعمال الظاهرة والباطنة من الرياء والتصنع.
الباب السادس(التواضع): استشعار العظمة الإلهية ولزوم الخشوع والانكسار بين يدي الله والتواضع للناس.
الباب السابع(التوبة): شرح مفهوم التوبة الصادقة، شروطها، كيفية تدارك التقصير، وإصلاح الزلل.
الباب الثامن(محاسبة النفس): تدقيق الإنسان في أفكاره ونياته وأعماله ومراجعتها المستمرة.
الباب التاسع(الزهد في الدنيا): التخفف من الشواغل والفضول الدنيوية والحد من الشهوات للإقبال على الآخرة.
الباب العاشر(محبة الله): غاية الطريق الروحي وقمتها، والمتمثلة في انشغال القلب بالشوق إلى الله والقرب منه.